제1대 원장 : 안병무 박사(1976. 2. - 1978. 2)
  직무대행 : 김익선 목사(1976. 3. - 1977. 2) : 명동사건으로 안병무 원장 구속
  제2, 3대 원장 : 서남동 박사(1978. 3. - 1984. 7. 19)
  직무대행 : 신종선 목사(1980. 5. - 1981) : 김대중내란음모 사건으로 서남동 원장 구속
직무대행 : 박근원 박사(1984. 12. 1. - 1990. 10. 30) : 서남동 박사 서거 후
  제4, 5대 원장 : 김상근 목사(1990. 11. - 1997. 12. 23)
  직무대행 : 박종화 목사(1998. 1. - 1998. 6.) : 김상근 목사 사임 후
  제6, 7대 원장 : 김원배 목사(1998. 7. 1. - 2006. 6. 30)
  직무대행 : 윤길수 목사(2006. 7. 1.- 2006. 12. 4.)
  제8-9대 원장 : 김종무 목사(2006. 12. 5. - 2013. 1. 11)
  제10대 원장 : 김수남 목사(2013. 2. 28 - 2014. 11. 24)
  제11대 원장 : 최윤태 목사(2014. 12. 9. - 2017. 2. 28)
  제12대 원장 : 이현준 목사(2017. 11. 28. - 현재)