한국기독교장로회 총회교육원은 1975년 제 60회 총회에서 선교정책을 강화하고자 결의하여 선교교육위원회를 조직하고 선교사업국과 선교교육원을 설치한 데서 출발한다. 설립 취지는 교회의 본래적인 사명에 충실하기 위한 목회자와 평신도 지도자의 계속 교육, 그리고 도서 출판과 조사 연구 사업을 보다 효과적으로 수행하는 데 있다. 이는 설립 당시의 독재적 정치상황과 반인권적 경제 성장주의에 대응하려는 기장의 결연한 의지를 담은 것이기도 하다.

1984년 총회교육원으로 기관명을 변경하고 한국인의 역사적 경험을 바탕으로 한 주체적 신학작업을 이루어 민중신학의 산실로 자리잡았다. 목회현장에 필요한 설교, 성만찬, 세례등의 목회의 실제문제를 신학적으로 정리하였고, 세계교회의 JPIC 신학을 한국교회의 목회적 지평에 융합시켰다. 선교신학대학과정과 여자 전도사대학과정을 설립하여 목회현장에 필요한 인재를 양성하였으며, 장로교육, 평신도 교육을 통해 교회의 부흥과 성장에 기여하여왔다. 또한 구역예배와, 어린이 청소년교재를 발간하여 교회교육의 새 지평을 열어가고 있다.